îl poți include în footer.php astfel
<script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.7.1/jquery.min.js"></script>
În primul rând, ce ai făcut tu scoțând renunțând la header.php e prost. Să explic și de ce: când va trebui să faci o modificare, va trebui să modifici toate fișierele în care ai trecut codul din header.php, în loc să modifici într-un singur loc.
În al doilea rând, funcția get_header() nu are nicio legătură cu includerea javascriptului în general. Pentru a adăuga o librarie js folosește http://codex.wordpress.org/Function_Reference/wp_enqueue_script (citește documentația, conține și exemple, și tot ce ai nevoie să știi)
Altfel, incluzând manual, cum ți-a fost recomandat mai sus, vei avea probleme de incompatibilitate pe viitor. Dacă un modul va include la rândul lui jquery (sau altă librărie js) vei avea librăria de 2 ori inclusă în pagină, sit-ul se va încărca greu și versiunile diferite de jquery vor face ca nimic să nu mai funcționeze.
Chiar dacă ai renunțat la header.php (ceea ce e rău), includerea librăriilor js cu filtre se face fie via wp_head, fie via wp_footer, deci atât timp cât ai cele două funcții în șablon îți va merge, nu au legătură cu get_header.
get_header nu face decât să includă fișierul header.php – poftim și documentația – http://codex.wordpress.org/Function_Reference/get_header
